Действие начинается в 1189 году, когда небольшое войско христиан, возглавляемое Ги де Лузиньаном осадило Акру через два года после завоевания её Саладином. Осаду поддерживают пизанские и генуэзские корабли, блокирующие город с моря. Сейчас решается судьба этого величественного города и Орден Ассасинов просто не может оставаться в стороне. Вскоре к  Лузеньану присоединится французский король -Филипп II, а уже в июне - правитель Англии - Ричард III.

В это  же время Аль Муалима начинают  посещать  идеи о  поиске «Частицы Эдема» - реликвии, которая, по верованиям, обладает огромной силой. В этой гробнице Альтаир встречается лицом к лицу с Крестоносцами, которые также разыскивают ценность. Он решает, что это отличный шанс уничтожить Робера IV де Сабле, гроссмейстера Тамплиеров. Проявив самонадеянность, хашашин провалил покушение на жизнь де Сабле и подставил под удар своих напарников. Он ни с чем вернулся в Масиаф, где поведал старцу Аль-Муалиму о своём крахе. К несчастью Альтаира, один из его напарников выжил, потеряв руку и брата, и вернулся в Братство. Более того, он принёс с собой искомую реликвию — «Частицу Эдема». В это время на Масиаф напал Орден Тамплиеров и начинается оборона твердыни ассасинов...